深度烘焙咖啡是健康的，只要是“手法适当且熟练”的深烘焙豆，就可以很大程度避免焦化物质对人体的影响 。深烘焙的咖啡豆同时降解了比较多的葫芦巴碱，生成较多的烟碱酸（俗称维生素B3） ， 对人体也是有益的成分 。
【深度烘焙咖啡健康吗】近年来科学家也发现，咖啡还含有其他多种会刺激胃酸分泌的化学物质 ， 研究过程中还意外找到一种活性物质ＮＭＰ（N-methylpyridium） ， 可阻断胃部细胞产生盐酸的能力，降低胃部不适 。

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