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病因未明 ， 推测与几方面因素有关：如大量粉尘吸入(铝，二氧化硅等)，机体免疫功能下降(尤其婴幼儿) ， 遗传因素，酗酒，微生物感染等 。而对于感染，有时很难确认是原发致病因素还是继发于肺泡蛋白沉着症 。例如巨细胞病毒，卡氏肺孢子虫 ， 组织胞浆菌感染等均发现有肺泡内高蛋白沉着 。
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