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洋葱假单胞菌肺炎常合并其它严重疾病，如恶性肿瘤、囊性纤维化，可引起反复高热、体重进行性减轻，急剧致命的病情恶化，短期内死亡 。女性病人临床症状常较男性严重且预后更差 。严重细菌感染，肺功能急剧下降，常合并其他严重疾病 ， 少数病人可能有菌血症 。洋葱假单胞菌性肺炎患者肺功能下降比铜绿假单胞菌性肺炎严重 。

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